O NESISCTE tem três Órgãos Sociais e, no que concerne ao trabalho, o Núcleo apresenta uma divisão funcional deste, sendo a sua estrutura organizacional dividida em Departamentos e Equipas de Projeto.

 

Órgãos Sociais – Constituem coletivamente o corpo de governação do NESISCTE.

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​Departamentos – Grupos de trabalho do NESISCTE que são estabelecidos segundo o critério da divisão por funções, áreas de conhecimento ou áreas de atividade.

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Equipas de Projeto – Equipas multidisciplinares compostas por membros de vários departamentos que têm ao seu encargo uma atividade ou projeto específicos e são dissolvidas após a sua conclusão, caso não sejam de duração indeterminada.

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Equipas (Denominação 2017/18) - Termo geral para denominar o que a partir do mandato de 2018/19 se veio a classificar como Departamentos ou Equipas de Projeto.